Ông là một thành viên của nhánh Somlyo của nhà Batory. Nhiều nhà sử gia xem ông là một trong những vị vua Ba Lan được bầu lên vĩ đại nhất. Ông là con trai út của Stefan Batory với mẹ là bà Catherine Telegdi[1]. Gia đình ông có 8 anh chị em ruột: Nicholas, Catharine, Andrew (chết năm 1563), Sophia, Anna (? –1570), Elizabeth (? –1562), Christopher (1530–1581), Stefan (1533–1586).

Ít tư liệu nói về tuổi thơ của Stefan. Khoảng 1549-1550, ông đã tới thăm Ý một thời gian ngắn và có lẽ đã dành một vài tháng để đi học tại Đại học Padua. Trở về nước, ông gia nhập quân đội dưới quyền của Ferdinand I (đế quốc La Mã Thần thánh) để chống Đế quốc Ottoman. Trong chiến đấu, Stefan bị người Ottoman bắt giam và không được Hoàng đế Ferdinand I chuộc về. Được thả ra, ông gia nhập phe đối lập của vua Hungary János Szapolyai trong cuộc đấu tranh giành quyền lực ở Vương quốc Đông Hungary[1] và đã tỏ ra là một nhà chỉ huy quân sự tài giỏi[1]. Trên đường đi sứ sang Vienna, ông bị Hoàng đế Ferdianand bắt giam 2 năm. Trở về nước, ông được viên quý tộc cao quý Hungary, Gáspár Bekes hậu thuẫn hết mình cho việc kế ngôi trong tương lai.

Sau cái chết của Zápolya vào năm 1571, Stefan Báthory được cử làm vương công của Transylvania. Gáspár Bekes được Hoàng đế Ferdinand I hậu thuẫn đã tìm cách cướp ngôi nhưng thất bại. Ông sau đó đã cố gắng để cho Ottoman và Đế quốc La Mã Thánh chống lại nhau trong một nỗ lực để tăng cường vị trí của Transylvania[1]